Esto sucedía justo al inicio de su Pontificado, así como la fundación de los Institutos arriba mencionados. Unido a este gran esfuerzo por la familia están las catequesis sobre la Teología del Amor que pronunció en las audiencias de todos los miércoles del 5 de septiembre 1979 al 28 de noviembre 1984. Con estas Catequesis el Papa Juan Pablo II no pretendía repetir un mensaje secular sobre el matrimonio y la familia, el punto central era la propuesta de una antropología adecuada a la que se llega a partir de la reflexión teológica sobre la experiencia y sentido de la corporeidad. Con estas Catequesis él pretendía decirle a todo hombre y mujer, quienes son, mostrarles el sentido de su existencia a partir de la creación y la redención: aquí están las raíces profundas de la relación hombre-mujer, de la vocación al amor, del sentido de la donación personal y la fecundidad del amor esponsal.
Juan Pablo II, con una visión profética, funda este Instituto al que le da su nombre para que lleve adelante y profundice sus enseñanzas, sabedor de que este sería el tema sobre el que se debatirían las sociedades del siglo XXI, que se caracterizan por una profunda crisis del amor y con ello, una profunda crisis del sentido existencial de la vida y del futuro de la familia.
Y efectivamente, como él lo diría, “el futuro del mundo pasa a través de la familia”1, así se comprende su cuidado y seguimiento al crecimiento de este Instituto con tanto cariño. El 1 de junio 1981 llama de la ciudad de Milán a Don Carlo Caffarra, para ser el primer Presidente del Instituto2. El 14 de octubre de 1981 invita al cuerpo docente del Instituto a sostener el primer acto académico en Castelgandolfo. El 19 de diciembre 1981 se reúne con los profesores y estudiantes y explica la intención de la fundación del Instituto. Tres días después publicaba la Exhortación Apostólica Familiaris consortio. Y casi un año después, el 7 de octubre de 1982, el Instituto recibía su configuración jurídica a través de la Constitución Apostólica “Magnum matrimonii sacramentum” con la cual se le daba el estatuto Pontifico a título pleno.
Durante los primeros años se buscaba la consolidación académica del Instituto y en su tercer aniversario, en 1985 se funda la revista científica Antrophos, la cual a partir de 1987 se llamará Antrophotes. En el mismo año se sostienen las primeras defensas doctorales, una de ellas será la de Don Livio Melina, actual Presidente Internacional del Instituto desde 2006.
En el marco del XX aniversario de la publicación de la encíclica Humanae vitae, en 1988 se crea la sección internacional de Washington, al frente de la cual se nombra al profesor Carl A. Anderson como Vicepresidente y el 15 de agosto de ese mismo año, Juan Pablo II publica la carta apostólica Mulieris dignitatem sobre la dignidad y vocación de la mujer, en ocasión del Año Mariano.
Al inicio de la segunda década de vida del Instituto, en el año 1992, se funda la sección mexicana, abriendo sus puertas en las sedes canónicas de la ciudad de México y Guadalajara, al igual que en el plantel Monterrey. El 23 marzo de 1992 se tiene un encuentro internacional, con el Santo Padre con motivo de los diez primeros años de vida del Instituto y Juan Pablo II señala en su alocución cómo la tarea del Instituto sería especialmente necesaria para la evangelización de la familia.
En los tres sucesivos años se publicarán por parte del Santo Padre documentos relevantes para la profundización de la ética y moral cristiana y que impactarán considerablemente en la vida matrimonial y familiar: el 6 de agosto de 1993 la encíclica Veritatis splendor, 2 de febrero de 1994 la Carta a las familiasy el 25 de marzo de 1995 la encíclica Evangelium vitae.
En 1994 se funda la sección española del Instituto en Valencia, por petición conjunta del Cardenal Alfonso López Trujillo y el Arzobispo de Valencia, Agustín García-Gasco Vicente.
En 1995 S.S. Juan Pablo II nombra a Mons. Carlo Caffarra, hasta entonces Presidente del Instituto, Arzobispo de la diócesis de Ferrara-Camacchio y como su sucesor a Mons. Angelo Scola, quien es recibido junto con toda la comunidad del Instituto por el Santo Padre en mayo de 1996 para celebrar el decimoquinto aniversario del Instituto. Un año después, en 1997 Mons. Scola crea en el Instituto el Área de investigación en Teología Moral Fundamental.
El Santo Padre, Juan Pablo II, seguirá mostrando su cariño y continuo interés por la madurez académica del Instituto reuniéndose en agosto de 1997 con los participantes a la semana internacional de estudio en Castelgandolfo. Experiencia que se repetirá en 1999 con los participantes a la semana internacional de estudio a la que acuden 114 profesores de todo el mundo. Y en mayo 2001 en la Sala Clementina donde encuentra a profesores y alumnos con motivo del XX aniversario del Instituto.
El año 2001 es un año particular de crecimiento pues se erigen cuatro nuevas secciones en el mundo: Australia, Brasil, India y África. Un año más tarde, el Presidente del Instituto, Mons. Angelo Scola es nombrado patriarca de Venecia y Cardenal en 2003. El Papa nombra entonces a Mons. Rino Fisichella, como Rector de la Pontificia Universidad Lateranense y Presidente del Instituto Juan Pablo II.